两名未满16周岁的人多次盗窃金额高达3000元以上

如果这两名未成年人有悔罪表现，法院可能会采取以下措施：一是考虑其悔罪态度，在量刑时给予从轻或减轻处罚；二是可能判处缓刑，给予其改过自新的机会；三是要求家长或监护人加强管教，并配合社区矫正机构进行帮教。
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关于两名未成年人跨省作案是否会受到更严厉的处罚，首先需要明确的是，跨省作案本身并不直接构成加重处罚的情节。但根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，多次盗窃且数额较大的行为已构成犯罪。虽然两名未成年人未达到法定刑事责任年龄，但依据法律规定，法院在审判时会考虑其犯罪情节，包括跨省作案这一事实，但主要还是会从轻或者减轻处罚，同时也会注重教育和感化，引导其走上正道。
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从法律角度，对这两名未成年人的处理原则是：教育、感化、挽救为主，惩罚为辅。法院在审判时会充分考虑其未成年人的身份，以及犯罪的原因、情节和社会危害程度，依法从轻或减轻处罚，并注重教育和引导其回归社会。